而经过进一步精炼、或者还原后，可以发生分子异构化，产生反式脂肪酸，例如：氢化、加热提炼、动物酶催化等。
（1）氢化植物油是反式脂肪酸最主要的食物来源。
以不饱和脂肪酸为主的植物油在加压和镍等催化剂的作用下加氢硬化，从液态不饱和脂肪酸变成固态或半固态的饱和脂肪酸。但在处理过程中，植物油中一部分不饱和脂肪酸从天然构架顺式不饱和脂肪酸转变成了反式不饱和脂肪酸。不饱和脂肪酸氢化时产生的反式脂肪酸因加工工艺不同有很大波动，一般占油脂含量的8%~70%，其中以反式C18:1脂肪酸（反油酸）为主。但生产氢化植物油≠产生反式脂肪酸，目前的酯化工艺很不错。并不是所有氢化植物油类成分，都含有反式脂肪酸。

氢化植物油比普通植物油熔点和烟点高，室温下能保持固态形状，可以保持食物外形美观，在油炸食品时油烟也少；由于氧化稳定性好，可以防止变质，因此使得运输和储存更加便利。此外，它还能够增加食品的口感和美味，成本更加低廉。

所有含有“氢化油”或者使用“氢化油”油炸过的食品都含有反式脂肪酸。

（2）精炼植物油
天然植物油在进行精炼脱臭处理时，多不饱和脂肪酸中的二烯酸酯和三烯酸酯会发生热聚合反应，发生反式异构化，产生反式脂肪酸。氢化油和精炼植物油中产生的反式脂肪酸被统称为IP-反式脂肪酸（industriallyproducedTFA）。

（3）反刍动物的脂肪组织及乳汁
在反刍动物瘤胃内，饲料中的多聚不饱和脂肪酸（PUFA）在瘤胃微生物丁酸弧菌群的酶促生物氢化作用下会产生大量反式脂肪酸异构体，主要以t11-C18:1（vaccenicacid）为主，同时还大量含有共轭亚油酸，比如c9，t11-CLA18:2。
国外研究表明，乳制品和反刍动物肉制品中R-反式脂肪酸（ruminantTFA）的含量一般都比较低，牛奶、乳制品、牛羊肉的脂肪中可发现1%~8%的反式脂肪酸。

（4）高温
日常生活的烹调过程中，尤其是油炸、煎烤时，植物油中的顺式脂肪酸高温受热后也可以部分转变为反式脂肪酸，但量很少。此外，油脂反复加热会产生更多的反式脂肪，所以炸过的油不能重复使用。高温煎炸还是换成动物油更好，煎炸食品时可考虑用猪油、棕榈油等饱和度更高的油脂。

由于反式脂肪酸和顺式异构体的结构不同，在脂质新陈代谢中酶的交叉反应不同。反式脂肪酸的熔点高，结合在细胞膜内部时能改变膜的流动性和渗透性。世界卫生组织以及各国主管部门对反式脂肪酸的规定是基于它对心血管健康的影响而制定的。世界卫生组织的建议是，每天来自反式脂肪酸的热量不超过食物总热量的1%（大致相当于2克），中国采用了这一目标来做评估。英法等国把2%作为推荐标准。需要特别指出的是：这不是一个“安全标准”，只能算是一个“指导意见”，它并不是说超过这个量就“有害”，低于这个量就“安全”，而是说“低于这个量，带来的风险可以接受”。我们追求的目标，也还应该是“尽可能低”。

我国卫生主管部门于2011年10月12日发布了编号为GB28050-2011的国家标准《食品安全国家标准预包装食品营养标签通则》，其中“4强制标示内容”的4.4条款规定，“食品配料含有或生产过程中使用了氢化和（或）部分氢化油脂时，在营养成分表中还应标示出反式脂肪（酸）的含量”。另外在D.4.2条款规定，“每天摄入反式脂肪酸不应超过2.2克，过多摄入有害健康。反式脂肪酸摄入量应少于每日总能量的1%，过多有害健康。过多摄入反式脂肪酸可使血液胆固醇增高，从而增加心血管疾病发生的危险。因此应该适当控制食用油摄入。

按照《食品安全国家标准》，反式脂肪酸含量≤0.3 g/100 g（固体）或 100 mL（液体），就能在包装上标注「0反式脂肪」的标签了。只要有，国家规定就必须写，但是没有到这个标准的话，就可以写0。

精炼植物油中也含有少量的反式脂肪酸，大约1%~5%，日常居民们购买的食用油绝大部分都是精炼植物油。《中国居民膳食指南》推荐每日植物油摄入量应控制在25～30克。

慎食含氢化植物油的加工食品。配料表中有氢化植物油、代可可脂、人造奶油、起酥油、植物奶油、人造酥油等的食品不宜过多食用。人造黄油，人造奶油、咖啡伴侣、西式糕点、薯片、炸薯条、珍珠奶茶等。“代可可脂”、“植物黄油(人造黄油、麦淇淋)”、“部分氢化植物油”、“氢化脂肪”、“精炼植物油”、“氢化菜油”、“氢化棕榈油”、“固体菜油”、“酥油”、“人造酥油”、“雪白奶油”或“起酥油”这样的字样时，就证明含有反式脂肪